2004年，根據(jù)區(qū)編委《關于深圳市寶安區(qū)衛(wèi)生監(jiān)督所職能、內設機構人員編制的批復》（寶機編[2003]29號），經(jīng)區(qū)編委會議研究，撤銷了“深圳市寶安區(qū)衛(wèi)生防疫站”，同時組建“深圳市寶安區(qū)衛(wèi)生監(jiān)督所”和“深圳市寶安區(qū)疾病預防控制中心”（加掛“深圳市寶安區(qū)衛(wèi)生檢驗中心”牌子）。組建后的深圳市寶安區(qū)衛(wèi)生監(jiān)督所為衛(wèi)生局下屬副處級行政執(zhí)法機構，內設7個科室：辦公室、預防監(jiān)督科、環(huán)境與學校衛(wèi)生監(jiān)督科、醫(yī)療保健監(jiān)督科、職業(yè)衛(wèi)生監(jiān)督科、傳染病與消毒管理監(jiān)督科、執(zhí)法監(jiān)督科。內設機構級別同區(qū)政府工作部門內設機構。